时间：2022-08-24
中国临床肿瘤学会（CSCO）肿瘤生物标志物专家委员会发布的第1个NGS临床应用调研显示，大于30%的肿瘤科医生每月NGS检测量超5个，而中国超90%临床医生需要NGS报告解读，二代测序临床报告解读专家组基于此现象于2020年出具了《二代测序临床报告解读指引》。 本期泌言以真实的前列腺癌基因检测报告为例，参考《二代测序临床报告解读指引》、《二代测序技术在肿瘤精准医学诊断中的应用专家共识》，介绍报告组成，便于需要大家更好地了解肿瘤基因检测报告。
前列腺癌是男性常见的恶性肿瘤，也是全球男性癌症死亡的第六大原因。随着前列腺癌精准治疗的循证医学愈加丰富，前列腺癌基因检测共识、CSCO前列腺癌诊疗指南、NCCN指南等国内外指南共识均表明前列腺癌基因检测应用的价值。接下来，小U带领大家快速了解一下肿瘤基因检测报告的形式和内容。 首先，获得基因检测报告的周期有多久？通常在样本采集运输，等实验室收到样本后7-10个工作日。在拿到一份基因检测报告前，它会历经一系列的检测流程，最终交付给患者和他的主治医生。因为肿瘤基因检测报告涉及患者隐私，因此患者或患者家属拿到的报告都是密封好的肿瘤基因检测报告，未经患者允许其他人不可查阅。 基于NGS技术的基因检测流程可以分为6个环节，即样本获取及处理、核酸抽提、文库构建、 上机测序、数据分析、变异解读及临床检测报告出具。 肿瘤基因检测报告形式各检测机构并不统一，整体内容包含：基本信息，基因检测结果汇总、变异解析、证据等级、质控参数、基因列表等。 基础信息 首先，报告内页基本信息会汇总送检患者的信息：肿瘤类型、既往诊疗史、期望的检测目的、样本类型、采样日期、检测内容、报告日期等。这些信息对于报告流程、后续临床医生进行基因检测报告的解读、后续治疗方案的制订很关键。 示例：温馨提示，根据国家相关指南及共识，可用于实体肿瘤体细胞基因突变检测的样本类型优先选用新鲜组织标本，也可以选用甲醛固定-石蜡（FFPE）样本、血浆、胸腹水等。2021CSCO前列腺癌诊疗指南中以制订治疗决策为目的的基因检测，推荐内容如下： I级推荐 II级推荐 III级推荐 患者类型 转移性前列腺癌 基因 类型 同源重组修复相关基因 错配修复及其他DNA修复相关基因 其他与前列腺癌治疗及预后相关基因 检测 类型 肿瘤+胚系a 肿瘤+胚系 肿瘤 样本 类型 肿瘤组织+血浆ctDNA样本+胚系标本 肿瘤组织+血浆ctDNA样本+胚系标本 循环肿瘤细胞(CTC)或肿瘤组织或血浆标本 a : 肿瘤+胚系是指需要对肿瘤样本（组织或ctDNA）进行检测，同时还需要对血液样本（白细胞或正常口腔黏膜上皮）进行胚系基因变异检测。 检测结果总汇 依据目前前列腺癌精准治疗的研究进展，基因检测的意义体现在临床用药指导（包括靶向药物、免疫药物、化疗用药的指导）以及遗传风险、预后的评估，一般会把检测结果的汇总放在报告前面，患者及其家属可以整体阅览上述功能（靶向、免疫、化疗、遗传、预后）相关基因变异检出情况，再根据证据等级“A-B-C-D”的优先级逐一查阅。 以上图的模拟报告为例，在靶向药物相关基因中，检测出BLM、BRCA2以及AR基因突变，依据证据等级，小编习惯优先查看“A证据等级-BRCA2-PARP抑制剂敏感。”另基于同源重组修复缺陷（HRD）评分，对于PARP抑制剂推荐程度为强推荐。（bat365中文官方网站官网-前列腺癌cfDNA样本HRD评分系统的专利软著，HRD评分使得更全面的评估PARPi获益人群） 变异解析 根据检测结果汇总，找到报告对应的基因变异解析，以AR为例，从解析中可知“雄激素去势治疗（ADT）、新型内分泌治疗均是以AR通路为靶分子”，如模拟报告所示，检出AR基因变异，其变异位点为c.G2226C:p.W742C，根据专业生信分析及数据库的检索，提示患者对新型内分泌治疗药物阿比特龙/恩扎卢胺可能耐药，证据等级B。报告中的变异解析目的是帮助理解检出结果，并将检测出的生物信息转化为临床信息。 注意 最终用药指导请以主治医生结合患者情况、治疗情况、生化检测、影像评估、病理诊断等综合决策为主。 证据等级 注：胚系变异-来源于父母生殖细胞，可通过生殖细胞继续遗传给子代；肿瘤体细胞变异-机体细胞后天产生的基因变异（https://mp.weixin.qq.com/s/zYjnViaCr7uFEZPNLVagFA） 根据2017年AMP/ASCO/CAP联合制定的体细胞变异解读指南，体细胞变异在不同癌种中对应的药物敏感性证据分为四个等级。如图，A等级（证据等级最高）主要基于NMPA/FDA或其他国家药监部门批准，专业临床指南（如CSCO指南、NCCN临床实践指南）推荐，其他B/C/D证据等级来源详见解析。 表格来自于《二代测序报告解读指引》 对检出的胚系突变，应参照ACMG推荐的胚系突变解读流程进行注释及解读,基于当前证据，胚系变异的致病性分为5级：5级，致病；4级， 可能致病；3级，意义未明（VUS）；2级，可能不致病；1级，不致病。仅有4/5级胚系变异具有相应的临床 指导价值。比如谈及PARP抑制剂与BRCA1/2胚系 突变的相关性，或BRCA相关卵巢癌⁃乳腺癌的风险评估，均默认仅针对4/5类BRCA1/2突变。 质控参数 每份报告都会提供本次检测主要质控参数，对于未达到质控质量的样本会全部退样或重新送样，保证报告的可读性和可信度。 以上是肿瘤基因检测主要包括的内容，根据不同NGS panel的可报告范围，一份NGS阳性报告中的变异可能有多有少，对于不同情况，临床医生会采取不同的解读逻辑流程，患者拿到检测报告后要咨询专业医生。 本次对肿瘤基因检测报告作了初步介绍，如发现编辑有误/想了解更多关于前列腺癌或者泌尿系统肿瘤基因检测报告的信息，可后台留言。 小贴士 ●
ctDNA（circulating tumor
DNA）：循环肿瘤DNA，是外周血中携带一定肿瘤特征（如SNV、插入/缺失突变、重排、CNV等），来自肿瘤基因组的
DNA片段。主要来源有凋亡或坏死的肿瘤细胞、 循环肿瘤细胞（CTC）以及肿瘤细胞分泌的外泌体 ● SNV：单核苷酸变异，是基因组上部分区域发生的点突变。SNV是最常见的变异类型。 ● CNV：拷贝数变异 ●TMB（tumor mutation burden）：肿瘤突变负荷，是指肿瘤基因组编码区每百万碱基中的体细 胞非同义突变个数。理论上TMB越高，可能被T 淋巴细胞识别的新抗原越多，免疫检查点抑制剂疗效可能越好 ● MSI：微卫星不稳定性 ● MSI-H：高度微卫星不稳定性 ● 基因融合：是指两个基因的全部或一部分的序列相互融合为一个新的基因的过程。融合基因的表达产物为融合蛋白。 ● ctDNA：循环肿瘤DNA，是指肿瘤细胞体细胞DNA经脱落或者当细胞凋亡后释放进入循环系统，是一种特征性的肿瘤生物标记。 ● 突变丰度：是指某个基因位点所有的等位基因中，突变的等位基因所占的相对比例，即等于突变型/（突变型+野生型）； ● “c.”指碱基序列，“p.”指氨基酸序列； ● 缩略词：del 表示缺失；ins 表示插入；indel 指插入缺失；dup 表示重复；fs 表示移码；X代表终止突变； ● 错义突变：c.C1100A: p.T367N ，表明该基因在第1100 位碱基处由C碱基变异为A碱基，导致其第367位氨基酸由苏氨酸（T）变为天冬酰胺（N）； ● 移码突变：c.2320delA: p.I774fs表示在2320位碱基A缺失后，第774位氨基酸后的编码都发生改变 ● 无义突变：c.C112T: p.Q38X 表示在112位的碱基C变异为T后，第38位氨基酸由谷氨酰胺（Q）变成终止密码子 ●
HRD：同源重组修复缺陷，HRD会产生特定的、可量化的、稳定的基因组改变，可通过建立基于基因组特征分析的评估体系来预测肿瘤HRD状态及其程度，已成为晚期卵巢癌患者临床应用PARP抑制剂的新型生物标志物，也可能对乳腺癌、前列腺癌等肿瘤的PARP
抑制剂和铂类药物的临床用药具有指导价值。 参考文献： 1.《二代测序临床报告解读指引》 2.《二代测序技术在肿瘤精准医学诊断中的应用专家共识》 3.NCCN Guidelines Version 1.2022 Prostate Cancer 4.2021年前列腺癌CSCO诊疗指南 5.《医学分子生物学》 说明：本期内容如有错误，请至公众号平台留言，敬请批评指正，届时我们将于下期进行更正声明。
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